Neste momento, parece que miktex ainda não foi atualizado para funcionar com o Ubuntu 18.04. Eu recomendo usar texlive :
sudo aptitude install texlive
Você pode remover o pacote miktex :
sudo aptitude -f remove miktex
No entanto, a remoção total do miktex é mais complicada porque o pacote é apenas um instalador. Se você o instalou em seu diretório pessoal, procure em ~/bin por remanescentes. Caso contrário, procure em /usr/local/bin .