O snapd não tem a capacidade de desativar sua função de atualização automática. Apenas a opção de escolher em que horas do dia pode fazê-lo.
Isso é mais uma solução do que uma solução adequada, mas se o VLC é o único snap que você tem, você pode simplesmente remover o pacote snapd e instalar o VLC através do método de instalação padrão do apt.
Embora seja uma questão de opinião, prefiro instalar meu software de qualquer maneira, pois é mais eficiente em termos de espaço com discos. A desvantagem seria possíveis problemas de dependência em alguns casos menos comuns. Os snaps eliminam esse problema tendo tudo o que é necessário para um programa específico em um piscar de olhos.