Em bash
(e shells semelhantes que o suportam), pode utilizar substituição de processos
dado
$ cat file
foo
bar
baz
então
$ diff file <(sed 2d file)
2d1
< bar
Nesse caso, o programa é sed
e os argumentos são 2d
e file
Em shells que não suportam a substituição de processos, uma vez que diff
aceita entrada padrão, você pode fazer ./myprog 1 2 3 | diff file1.txt -