Não use vinho para programas como o Windows. Programas de fontes desconhecidas apresentarão problemas de segurança.
O Wine não é Windows, portanto nem todos os programas estão sendo executados sem falhas. Para obter informações precisas sobre o seu programa, procure-o no banco de dados do aplicativo winehq.org.
Seu computador ficará tão seguro quanto você se comportar. Se você estiver executando programas de fontes desconhecidas, o único que você pode culpar é você.
Nunca use sudo
com vinho, não há razão para fazer isso. Quando você tiver problemas de permissão ao acessar periféricos ou arquivos, use o comando chmod para permitir o acesso do usuário a determinados dispositivos ou arquivos.