A maneira como os processos são executados é que a janela do Terminal aberta está sendo executada dentro do shell gerado por ela. Toda vez que você atualizar o PHPStorm, a menos que você esteja usando métodos personalizados de instalação (ou a versão Snap do PHPStorm), você terá que 'refazer' o lançador de aplicativos. Como isso não é feito automaticamente, você precisa executar o script manualmente até usar as funções internas para criar lançadores de aplicativos (consulte a segunda seção da minha resposta).
Como você executa o script na linha de comando, há uma árvore de execução pai / filho relacionada a ele, com o 'pai' da cadeia sendo a sessão do terminal. Devido ao modo como o sistema lida com as árvores de execução, se você fechar o terminal (um processo pai) ele tentará também fechar os processos filhos (a menos que seja ignorado pelo shell, o que não é típico se você estiver executando o script diretamente você disse).
Portanto, sua árvore de execução é assim:
[Desktop Manager]
|_ gnome-terminal
|_ /bin/bash
|_ [the run script for PHPStorm]
|_ [all child processes which actually run PHPStorm, which has its own
execution tree as well for all its processes and threads]
Matar ou fechar o terminal gnomo pai mata a casca que está dentro dela, o que mata ou fecha os filhos na cadeia até o final da árvore.
Você provavelmente deve usar a função "Criar Disparador de Aplicativos" incorporada do PHPStorm, e pode ser necessário fazer isso toda vez que instalar uma versão ou atualização mais recente. Na maioria dos IDEs do JetBrain, você pode instalar o lançador padrão para não precisar usar o script de início usando as ferramentas "Create launcher" integradas.
Para criar um lançador você pode usar na linha de comando, uma vez que o IDE esteja aberto, vá em "Ferramentas", e então clique em "Criar Lançador de Linha de Comando".
Para criar um iniciador para a GUI do menu de aplicativos ou o painel / pesquisa do Unity, vá para "Ferramentas" e clique em "Criar entrada na área de trabalho".
Com a entrada do Google Desktop, você não precisará abrir o terminal para iniciar o PHPStorm mais