apenas no caso de alguém mais ter esse problema
Eu adicionei um script aos meus aplicativos de inicialização para aplicar as configurações nvidia em cada login.
#!/bin/bash
nvidia-settings --assign CurrentMetaMode="HDMI-0: 2560x1440 +0+0 {viewportin=2560x1440, viewportout=2560x1440+0+0}, DVI-D-0: 1600x900 +2560+0 {viewportin=1600x900, viewportout=1600x900+0+0}"
Isso torna minha tela padrão como a saída HDMI com a resolução definida e a saída DVI como minha segunda tela ao lado da minha principal.