Abra o Terminal e execute o seguinte comando primeiro para permitir valores alfa personalizados para o dock do Ubuntu
gsettings set org.gnome.shell.extensions.dash-to-dock customize-alphas true
Em seguida, execute o seguinte para definir o valor alfa mínimo (ou seja, quando uma janela não estiver maximizada ou tocando na barra superior ou no encaixe)
gsettings set org.gnome.shell.extensions.dash-to-dock min-alpha 0
Por fim, se desejar, execute o seguinte para definir o valor alfa máximo (ou seja, quando uma janela é maximizada)
gsettings set org.gnome.shell.extensions.dash-to-dock max-alpha 0
Em seguida, efetue logout e faça login novamente.