Para definir com setxkbmap :
setxkbmap 'pl,gr' -variant ',polytonic' -option 'grp:alt_shift_toggle'
-variant define variantes para cada layout selecionado e -option 'grp:alt_shift_toggle' ativa a alternância de layouts com Alt-Shift.
Os layouts e variantes disponíveis podem ser vistos em /usr/share/X11/xkb/symbols . Cada layout tem seu arquivo e listando esse arquivo, você pode encontrar as variantes do layout.
(BTW as opções estão listadas em /usr/share/X11/xkb/symbols .)
Se você precisar tornar as configurações permanentes, em vez de usar setxkbmap , poderá editar /etc/default/keyboard .