A captura de tela que você forneceu, clique no botão [Configurações ...], ela tem opções para nunca verificar atualizações lá.
Para fazer isso no terminal você precisa encontrar os arquivos que são usados para isso, provavelmente no cron em algum lugar. Eu fiz um pequeno teste e encontrei esses dois arquivos:
/etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades & /etc/apt/apt.conf.d/10periodic
Alterei minhas configurações na GUI para Nunca e verifiquei como esses arquivos foram alterados:
cat /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades'
APT::Periodic::Update-Package-Lists "0";
APT::Periodic::Download-Upgradeable-Packages "0";
APT::Periodic::AutocleanInterval "0";
APT::Periodic::Unattended-Upgrade "1";
cat /etc/apt/apt.conf.d/10periodic
APT::Periodic::Update-Package-Lists "0";
APT::Periodic::Download-Upgradeable-Packages "0";
APT::Periodic::AutocleanInterval "0";
APT::Periodic::Unattended-Upgrade "1";
Listas de pacotes de atualização tornam-se 14 quando você define a atualização quinzenal.
Altere seus arquivos para correspondência e isso deve funcionar para você.