Então eu estava tendo um problema semelhante, usando o Ubuntu 18.04 em um laptop HP Spectre com 2560x1440 com aumento de 200% e um monitor Acer de 1600x900. Eu estava tentando fazer com que o monitor da Acer não fosse exibido a 200% na configuração e isso não funcionaria. Acabei correndo isso (Obrigado dsklosr)
xrandr --output HDMI-1 --scale 2x2
e agora tenho uma ampliação de 200% no meu laptop e 100% no meu monitor Acer conectado:)
Se alguém souber um comando sudo para torná-lo permanente, tudo estará definido