Nunca tive nenhum problema em usar o mesmo dispositivo USB no Windows e no Linux.
Mas eu não confiaria em um pendrive como uma solução de backup.
Com um stick USB ruim, você pode perder seus arquivos, mesmo se você usá-lo apenas no mesmo sistema operacional.
Sempre faça o backup de seus arquivos em um local externo com uma boa solução de armazenamento com RAID ou uma solução de armazenamento em nuvem.