Basta editar seu arquivo .desktop
como abaixo,
Exec=guake -e /path/to/script.sh
Por padrão, isso inicia a janela oculta e é executado lá. Se você quiser iniciá-lo como uso de janela visível,
Exec=guake -t -e /path/to/script.sh
Para o terminal padrão, é gnome-terminal