Eu tive um problema semelhante e resolvi isso fazendo duas coisas.
1. Editor Dconf
Instale o dconf-tools e abra-o. Sob a ordem dos motores de busca desktop / ibus / geral e altere-o de acordo com a sua preferência.
ibus-setup
abra um terminal e digite ibus-setup Na guia avançada, marque a opção usar layout de teclado do sistema .