O mesmo problema aqui no meu laptop. Depois de alguma observação, descobri que tem algo a ver com o modo de economia de energia, especialmente a suspensão automática.
Vá para Settings > Power
e desative todas as opções Automatic Suspend
. Escolha também Blank screen
to Never
.
Até que a equipe do Ubuntu descubra por que o modo de suspensão está interferindo no processo de desligamento, isso resolveu meu problema.
Espero que isso ajude