Não é possível instalar o rJava no R

Question

Não consigo instalar o pacote rJava no R.

Se eu executar sudo R CMD javareconf :

*** JAVA_HOME is not a valid path, ignoring
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.8.0_161
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include - 
I$(JAVA_HOME)/../include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-8- 
oracle/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-8- 
oracle/jre/../include/linux     
-fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat - 
Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o 
conftest.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o 
conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-8- 
oracle/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR

JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include - 
I$(JAVA_HOME)/../include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

Eu também executei os seguintes comandos:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

mas eu realmente não sei o que é suposto fazer ...

Finalmente, deve ser mencionado que

• se eu instalar e executar o rJava (usando a biblioteca (rJava)) no modo sudo, tudo ficará bem.

• se eu executar o rJava no modo de usuário normal com

  library(rJava)
  

  Eu recebo o seguinte erro:

  library(rJava)
  Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
  .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/home/marc/R/x86_64-pc-linux- 
  gnu-library/3.4/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
  

• Se eu tentar instalar o rJava no modo de usuário normal, recebo o mesmo erro do anterior ao testar se o pacote pode ser carregado:

  ** testing if installed package can be loaded
  Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
  .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/home/marc/R/x86_64-pc-linux- 
  gnu-library/3.4/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
  Error: loading failed
  Execution halted
  

Qualquer ajuda seria bem-vinda.

    

Answer 1

Tente:

update-alternatives --config java

Isso deu uma saída como esta:

• 2 / usr / lib / jvm / java-8-oracle / jre / bin / java

Adicione ao seu / etc / environment

JAVA_HOME = '/ usr / lib / jvm / java-8-oracle'

E depois remova e reinstale a base r:

sudo apt-get remove r-base

sudo apt-get install r-base

Agora tente instalar o rJava novamente.