Agora, o nome da chave que armazena os plugins de compiz habilitados no gconf é:
/apps/compizconfig-1/profiles/Default/general/screen0/options/active_plugins
E agora você tem que usar:
gconftool-2 --get /apps/compizconfig-1/profiles/Default/general/screen0/options/active_plugins
respectivamente:
gconftool-2 --set --type=list --list-type=string /apps/compizconfig-1/profiles/Default/general/screen0/options/active_plugins "[list,goes,in,here]"