Nas configurações de aparência, há a opção "Plano de fundo sólido" marcada com 0 de opacidade, mas o plano de fundo do LXPanel é o mesmo do papel de parede, não da janela que ele cobre. Como fazer isso certo? Aqui estão duas imagens:
Como você viu, 0 é totalmente transparente. 255 seria totalmente opaco.