Tudo bem, então eu estava brincando e encontrei uma solução.
sudo apt --fix-broken install
sudo apt install adwaita-icon-theme
sudo apt-get install gnome-shell ubuntu-gnome-desktop
Isso restaurou os aplicativos que vêm com o Ubuntu. Ainda tenho que instalar aplicativos de terceiros novamente.
Vou manter isso como referência no caso de alguém cometer o mesmo erro. Eu acho que o Ubuntu 18.04 LTS tem erros.