Em circunstâncias em que a string de substituição ou string padrão contenha barras, você pode usar o fato de que o GNU sed permite um delimitador alternativo para o comando substituto. As opções comuns para o delimitador são o caractere de pipe | ou o hash # - a melhor opção de caractere delimitador geralmente dependerá do tipo de arquivo que está sendo processado. No seu caso, você pode tentar
sed -i 's#'$fileWithPath'#HAHA#g' $file
O caractere 'g' depois da última # é usado para alterar todas as ocorrências no arquivo se você precisar alterar apenas a primeira ocorrência e, em seguida, remover o 'g'.