Por padrão, userdel apenas exclui o usuário de /etc/passwd . Para remover também o diretório inicial, você passa o sinal -r ou --remove .
Depois que o usuário tiver sido removido usando userdel , não será possível executar retroativamente userdel -r user para remover o diretório inicial; em vez disso, você precisa excluir o diretório pessoal do usuário, por exemplo, executando
sudo rm -r /home/user substituindo user pelo nome de usuário que você deseja remover.
Se houver uma entrada para o usuário em /var/mail ou qualquer diretório definido para MAIL_DIR em /etc/login.defs (execute grep MAIL_DIR /etc/login.defs para verificar), também é possível excluir isso.
Excluir o diretório inicial também deve corrigir o menu conta de comutação , mas não consegui reproduzir seu problema no meu sistema Ubuntu MATE. Talvez a reinicialização após a remoção do diretório pessoal do usuário também seja necessária para você.
Veja também a ferramenta mais flexível deluser .