O Chrome cria dois arquivos .desktop, um na área de trabalho (em ~/Desktop ) e outro em ~/.local/share/applications . Este último é mostrado no Dash. Para encontrá-lo, execute
grep -ri "whatsapp" ~/.local/share/applications
Por exemplo o meu foi chamado chrome-hnpfjngllnobngcgfapefoaidbinmjnm-Default.desktop . Consegui editar o campo Icon e tê-lo em vigor no Dash.