Isso parece um bug. Se eu ativar segundos para serem exibidos com as horas e minutos usando a ferramenta Tweak, as horas e os minutos estão corretos, mas os segundos agora são colocados à esquerda (usando 20:45:18 - H: M: S).
Eudefinitivamenteenviariaumrelatóriodebugaqui: link
Como isso é trivial para ser reproduzido, vou fazer uma triagem para você, para que um desenvolvedor que saiba um pouco mais sobre isso possa dar uma olhada.
Houve um relato de bug semelhante, mas não relacionado, que encontrei pelo autor: Bug 743821 - alteração nos locais dos intervalos de tempo no ambiente de trabalho árabe .
O melhor palpite neste ponto é que o tempo está sendo dividido pelos dois-pontos, e a última parte é movida para o começo e, no seu caso, os minutos são movidos para o começo:
1 - > 20
2 - > 45
3 - > 18
Torna-se
1 - > 18 (3)
2 - > 20 (1)
3 - > 45 (2)
E o mais interessante é que a tela de bloqueio não tem esse problema.