Esta resposta parece responder à sua pergunta. Em geral, é melhor usar o Windows para corrigir erros em discos rígidos NTFS.
But because it is NTFS, the only way to truly repair NTFS is Windows' chkdsk utility. (There is a ntfsfix command, but it is NOT going to be of the same quality of fix as Windows' utilities to check NTFS disks).
Minha experiência pessoal está alinhada com isso.