Você deve começar lendo o Guia de empacotamento do Ubuntu e especialmente parte 3. Corrigindo um bug no Ubuntu .
Todos os seus passos resumidos:
- Clone do código-fonte do GMP para xenial
- Faça alterações em seu código-fonte
- Compile o pacote deb com suas alterações
- Instale seus pacotes atualizados no sistema com
dpkg -i *.deb
ouapt-get install ./*.deb
.