O CUPS, também conhecido como C ommon U nix P rinting S ystem, é um programa feito pela Apple em a fim de unificar o sistema de impressão para todos os sistemas operacionais Unix (e similares), incluindo MacOS, FreeBSD, Linux, ... Você pode configurar o CUPS usando uma página da Web que é bastante fácil, pois não requer necessariamente o uso do comando linha.
O Samba é, no que me diz respeito, um aplicativo / protocolo de compartilhamento de arquivos em rede. Eu não ouvi falar do fato de que é capaz de imprimir e digitalizar arquivos. Após uma pequena pesquisa na net, descobri que o Samba usa o CUPS como um backend para configurar impressoras.
Meu conselho para você é ir com o CUPS, pois é, na maioria dos casos, mais fácil.
Observe que você pode precisar baixar um driver para a sua impressora, se não for suportado nativamente. Consulte o site do seu proponente nesse caso.