Você pode criar um script de shell com base na solução atual e criar uma ou mais associações de arquivos para ele.
Script da shell
#!/bin/sh
set -eu
ffmpeg -i "$1" ... "$1~" # Replace the dots with your FFmpeg options
mv -T -- "$1~" "$1"
Salve o script em um arquivo e adicione permissões executáveis.
Associação de arquivos
Veja Como adicionar um programa personalizado à lista de programas “Open With” no Xubuntu 13.04? Como associar um arquivo a um programa para abri-lo? (Apesar do título da pergunta, as respostas abrangem todos os ambientes de desktop que suportam a especificação Freedesktop, o que significa todos os principais, incluindo GNOME e Unity).