A configuração da área de trabalho é armazenada em ~/.config/user-dirs.dirs
. No seu caso, a linha com
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
provavelmente está errado. Então, mova o Desktop
para outro lugar e crie uma nova pasta Desktop
.
$ mv ~/Desktop ~/Desktop_backup.pdf
$ mkdir -p ~/Desktop
Efetue logout e login novamente, você deve estar bem.