Encontrado.
O processo que usei para restaurar o sistema foi:
- instale um novo 14.04 em um novo disco de inicialização
- restaura tudo do backup, exceto / boot
Desde que eu tinha o sistema atualizado, eu esperava que não haveria nenhum problema com isso. Quase ...
Estranhamente, a nova instalação me deixou com um kernel 4.40 linux, que não faz parte da distribuição. Então, quando eu restaurei / lib, os módulos do kernel 4.40 foram substituídos pelos 3.13. Isso significava que o módulo FTDI não estava mais sendo carregado.
A solução foi forçar a reinstalação do kernel 3.13 e remover manualmente os arquivos do kernel 4.40 de / boot. Depois de executar update-grub, tudo voltou ao normal.
Obrigado por apontar a direção certa @heynnema