Após algumas investigações, parece que isso é controlado por uma configuração do gconf. Para definir o zip como o método de compressão padrão, pressione Alt + F2 para abrir a janela 'Executar aplicativo'. Digite 'gconf-editor' na caixa e aperte o botão 'Run'. Isso pode ser visto na captura de tela abaixo.
Quandovocêclicarnobotão"Executar", uma janela como a abaixo será exibida. Este é o Editor de Configuração.
Orecursodecompactaçãodonautilusrealmenteusafile-roller.Paraacessarasconfiguraçõesdorolodearquivo,comeceexpandindoapasta"apps".
Emseguida,localizeeexpandaapasta"file-roller".
Expandaapasta'diálogos'.
Selecione a pasta "adicionar lotes".
Agoravocêdeveverumitemcomonome'default_extension'naseçãoàdireita.Vocêvaiquererclicarnocampo'Valor'emudaroqueestavaanteriormentepara'.zip'.
Agora, se você fechar o editor de configuração e abrir o nautilus, o .zip deverá ser o método de compactação padrão.
