É por isso que você nunca deve executar aplicativos GUI como root.
O PuTTY armazena sua configuração em ~/.putty , uma pasta oculta no seu diretório pessoal. Este diretório e seu conteúdo devem ser de sua propriedade.
Se você executar sudo putty , isso alterará o ID de usuário efetivo, mas manterá a maior parte do ambiente atual, incluindo o caminho do diretório inicial. Assim, todos os arquivos recém-criados nesse local serão de propriedade de root em vez de seu usuário e, quando você executar putty normalmente na próxima vez, não poderá lê-los.
Para corrigir isso, restaure sua propriedade desses arquivos usando o comando
sudo chown -R $USER: ~/.putty
Depois disso, lembre-se de não usar mais sudo putty . Nunca deve haver necessidade de executar este aplicativo com privilégios elevados, acredito. No entanto, se você precisar, por qualquer motivo, use sudo -H putty para fazer com que use o diretório base do root /root em vez do seu.