Se você tem certeza de que isso realmente quer fazer (veja o comentário acima), você pode fazer
sudo apt-get -o Dpkg::Options::="--force-overwrite" install libc6-dev-amd64 libc6-dev-i386
Isso passa o sinalizador --force-overwrite para o dpkg, que permite que um pacote sobrescreva o arquivo de outro. Claro, se você tiver os arquivos deb, você pode usar o comando dpkg
diretamente como:
sudo dpkg -i --force-overwrite libc6-dev-amd64 libc6-dev-dev-i386