Concordo com @karel e recomendo fazer um backup de /home e fazer uma nova instalação. Pode ser possível usar o 16.04 Live iso para montar o seu disco rígido existente e apagar tudo, mas /home no drive, seguido por um reinstalar de usar o instalador do Ubuntu no iso (pode ser um stick usb, é claro). Mas isso é mais propenso a erros. Se você tiver uma maneira fácil de copiar os dados do usuário para um disco externo, faça isso.
Além disso, eu também copiaria os detalhes das contas de usuário que você deseja preservar, talvez copiando o /etc/passwd em si e anotando especialmente os valores uid e gid. Em seguida, para restaurar seus arquivos, crie novas contas usando adduser usando os valores uid e gid anteriores. Em seguida, você pode copiar os dados do usuário para os novos diretórios de usuários. Mesmo se você não copiar os dados /etc/passwd , você sempre poderá obter os valores uid e gid do próprio sistema de arquivos copiados /home usando ls -na ; uid e gid serão a terceira e a quarta coluna. Você pode encontrar os valores atuais em /etc/groups .
Como alternativa, você pode simplesmente criar novas contas para seus usuários, copiar os dados antigos do usuário de seu backup para cada usuário para /home/user e fazer um chown -R user:group /home/user .