Eu tive um problema semelhante - não tenho certeza sobre o que "lento" você está falando aqui, mas meu lento era sobre o início lento do nautilus e o irritante cursor rotativo (ocupado) ao trocar diretórios.
Solução: tente executar o nautilus a partir da linha de comando do terminal - assim como
você @ yourhost $ nautilus
se isso trouxer a alegria de volta na forma de nautilus sem lag, basta editar as propriedades do link / atalho / iniciador alterando o campo
Comando: "nautilus% U" em apenas "nautilus" sem fantasia% U
funcionou para mim. Espero que ajude u2.