Aqui estão quatro maneiras. Escolha uma que você mais goste.
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IPTables (o Firewall do Linux) pode interceptar pacotes de entrada, assim o ouvinte nunca os recebe. O IPTables faz parte do kernel do Linux, incluído em todas as instalações do Ubuntu. Vários frontends mais simples para o IPTables (ufw, gufw) estão nos repositórios do Ubuntu. Este é o método mais fácil para a maioria dos usuários ... no entanto, seu caso é incomum (conflito de porta), portanto, pode não funcionar para você.
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Uma Regra do AppArmor pode impedir o uso da porta por um programa individual ... se / quando essa funcionalidade for finalmente implementada (Veja LP: 796588 ). No entanto, o ato de prevenção pode travar o programa.
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O aplicativo em si pode oferecer uma configuração. Você pode precisar se aproximar dos desenvolvedores do upstream e pedir muito por isso. Eles podem dizer sim ou não - eles podem ter o ouvinte lá por uma razão muito boa e inocente.
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Ao usar o software de código aberto, você pode editar a fonte e recompilar. Naturalmente, isso requer muitas habilidades necessárias e é recomendado apenas para usuários razoavelmente avançados.
Como o seu caso é um conflito de porta (dois aplicativos que tentam usar a mesma porta), uma solução possível é iniciar o aplicativo que você deseja vincular à porta primeiro. Depois que a porta é ligada, você está livre para iniciar o Foxit Reader.