Não posso confirmar isso (estou usando o Notepadqq 1.3.4-1 ~ xenial1 no Xenial).
Mas você pode alterar o tema Notepadqq em suas configurações:
Após a atualização mais recente da atualização de software do Ubuntu para o Notepadqq no Ubuntu 16.04, os ícones e fontes do aplicativo (não a fonte do editor) foram alterados. Por que e como eu vou voltar? Vou anexar uma captura de tela (acima) com os ícones originais no Ubuntu e outra (abaixo) com os ícones após a atualização.