Você pode querer dar uma olhada em EncFS . É especialmente útil criptografar arquivos armazenados na nuvem porque ele pode criptografar arquivos ou pastas. É rápido também. Aqui está uma GUI para EncFS se você precisar.
Editar:
De acordo com uma auditoria que data de 2014, o EncFS " não é seguro se o adversário tiver a oportunidade de ver dois ou mais instantâneos do texto cifrado em momentos diferentes. O EncFS tenta proteger os arquivos contra modificações mal-intencionadas, mas há sérios problemas com esse recurso. "
Não consegui encontrar nenhuma informação se os problemas apresentados na auditoria já foram corrigidos.
Parece que o Cryptomator é considerado mais seguro e, como o EncFS, também oferece criptografia do lado do cliente (alguns detalhes adicionais sobre o Cryptomator aqui ).