Isso acontece comigo muitas vezes. É uma das duas coisas:
# Notice the missing ':' after host?
scp -r foo/ user@host
# in this case, with or without the ':', the 'cp' is what's wrong.
cp -r foo/ user@host
cp -r foo/ user@host:
Normalmente, é o primeiro exemplo que eu digito errado. Esqueci o : , que o scp trata como mais ou menos um comando literal cp.
Para a segunda parte do mistério - Como você também mencionou que a pasta está protegida contra gravação, provavelmente você incluiu um sudo na frente de um desses comandos em um ponto. Mais uma vez, fiz a mesma coisa muitas vezes.
Referências :
- Veja a discussão neste q / a para mais informações.