Eu daria uma olhada em estes métodos (se não já tentou). De particular atenção são os comandos:
sudo apt-get update
sudo apt-get install –reinstall ubuntu-desktop
sudo apt-get install unity
rm -rf ~/.cache/compizconfig-1
sudo shutdown -r now
Se isso não resolver, acho que uma reinstalação está em ordem. Mas é sempre uma boa ideia tirar uma foto do seu sistema enquanto ele está funcionando bem e atualizado. Então você nunca terá que se preocupar com reinstalações se algo der errado novamente. Só me levou alguns minutos para restaurar de uma imagem com tudo de volta ao normal.