É um pouco ineficiente, mas se você tiver certeza de que cada arquivo png tem um arquivo mrc correspondente, tudo o que você realmente precisa fazer é passar pelos arquivos png e substituir o componente de diretório e extensão, por exemplo.
for f in dir1/*.png; do echo cp "dir2/$(basename "$f" .png).mrc" newdir/; done
dado
$ tree dir1 dir2
dir1
├── a.png
├── b.png
└── d.png
dir2
├── a.mrc
├── b.mrc
├── c.mrc
├── d.mrc
├── e.mrc
└── f.mrc
0 directories, 9 files
então
$ for f in dir1/*.png; do echo cp "dir2/$(basename "$f" .png).mrc" newdir/; done
cp dir2/a.mrc newdir/
cp dir2/b.mrc newdir/
cp dir2/d.mrc newdir/
Remova o echo
quando estiver satisfeito com o que você quer