Este diálogo existe para sua própria segurança, irritante como é. Para removê-lo, clique com o botão direito do mouse no inicializador, clique em propriedades e, em seguida, vá para a guia Permissões e escolha Executar para os usuários que você deseja permitir.
Isso permitirá que você use o iniciador a partir de agora.
Para fazer isso com uma grande quantidade de iniciadores no mesmo diretório, abra um terminal (no mesmo diretório) e execute:
chmod +x *.desktop