As versões LTS têm duas séries de kernel disponíveis, as versões GA e as versões HWE:
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O GA (Disponibilidade Geral) é a versão do kernel com a qual o lançamento do Ubuntu recebeu inicialmente lançamentos, que foi de 4,4 para o Ubuntu 16.04. O meta-pacote que fornece os kernels do GA é
linux-generic
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O HWE (Hardware Enablement) é a versão do kernel do backport do último lançamento do Ubuntu, isto é, atualmente a partir de 17.10, que é o kernel 4.13. Ele contém suporte para o hardware mais recente (portanto, o nome) e outras atualizações de recursos. O meta-pacote para os kernels HWE em 16.04 é
linux-generic-hwe-16.04
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Se você instalar o 16.04.0 ou 16.04.1 (o release inicial ou o primeiro release pontual atualizado do 16.04), obterá a série do kernel do GA como padrão.
Se você instalar uma versão point posterior (16.04.2 ou posterior, lançada após a próxima versão normal do Ubuntu), você obterá os kernels HWE por padrão.
Não sei por que exatamente um apt dist-upgrade
instalaria a linha do GA mais tarde, mas se você já tiver inicializado a partir do kernel do HWE (4.13), será seguro desinstalar a série do GA usando:
sudo apt remove linux-generic
sudo apt autoremove
Isto deve remover todos os pacotes relacionados ao kernel 4.4, mas ainda verificar a lista de pacotes para serem removidos de qualquer outra coisa que você não queira se livrar.