A questão deve ser "BSD vs Linux" (Gnu / Linux), Se você ler um pouco sobre sua história, você terá uma idéia realmente melhor de como eles são diferentes uns dos outros, sugiro dar uma olhada nessas páginas da Wikipedia :
Normalmente, o Ubuntu é uma distribuição baseada em Gnu / Linux, enquanto o freeBSD é um sistema operacional completo da família BSD, ambos são do tipo unix.
Distribuições Linux como o Ubuntu são mais avançadas, o que faz delas uma opção melhor para usuários domésticos, também o suporte de hardware do Linux é muito melhor que o do BSD (mais cedo o suporte de novos hardwares).
A maioria dos ambientes de desktop e softwares está disponível para ambos, porém, na minha opinião, instalar software nas distribuições Linux é muito mais fácil e rápido que o FreeBSD, que deve ser instalado pelo sistema de portas (código fonte). também há pacotes binários disponíveis para o FreeBSD que não são atualizados regularmente, como eu me lembro, posso estar errado).
Outros artigos interessantes para ler: