você pode usar o dd e seu disco rígido. Vou dar um exemplo:
Para o backup (com o seu cartão rasy jessy sd no leitor, mas desmontado):
sudo dd if=/dev/mmcblk0 of=/home/bruni/backup.img
Para a restauração, depois de desmontar e substituir o cartão sd por um novo:
sudo dd bs=4M if=/home/bruni/backup.img of=/dev/mmcblk0
É claro que primeiro você terá que verificar se mmcblk0 é o seu cartão SD (para isso compare a saída de df -h
antes e depois de inserir o cartão SD) e substitua bruni pelo seu nome de usuário.
Eu uso o acima para fazer o backup da minha instalação de kodi pi framboesa.
PS: Nem cópia nem rsync levarão a um cartão SD inicializável, que é o que você quer.