Você pode copiar arquivos dentro da GUI usando o gerenciador de arquivos Nautilus (agora chamado de "Arquivos") embutido no Ubuntu.
No que diz respeito a usar uma GUI para alterar permissões de arquivo, o único programa que encontrei é chamado Eiciel . Eu nunca usei o programa e não posso garantir isso.
Aqui está uma captura de tela da página do desenvolvedor:
