O til ( ~ ) tem um significado especial no bash, é uma expansão do bash e assume o valor da variável de ambiente $HOME . Leia a seção Expansão til do GNU Bash Reference Manual para entender como ele se desenvolveu. Então, acho que o que você quer realizar é algo semelhante a:
myuser@ubuntu:~$ pushd -n "/home/myuser/Applications/Custom/Java"
~ ~/Applications/Custom/Java
myuser@ubuntu:~$ cd ~1
myuser@ubuntu:~/Applications/Custom/Java$
Leia man pushd para mais informações.
Em seguida, para ir diretamente para dentro de /home/myuser/Applications/Custom/Java toda vez que você executar o comando cd ~1 em seu terminal, basta adicionar a seguinte linha ao final do arquivo ~/.bashrc :
pushd -n "/home/myuser/Applications/Custom/Java" >/dev/null
Recarregue seu arquivo ~/.bashrc com source ~/.bashrc e, em seguida, use cd ~1 toda vez que desejar alterar o diretório de trabalho atual para /home/myuser/Applications/Custom/Java .