Para "desinstalar" o Windows, basta formatar sua partição. Você pode usar várias ferramentas para isso. Provavelmente gparted seria mais fácil para você.
IMPORTANTE: copie os dados que você deseja preservar. Por padrão, o espaço do usuário está localizado em C:\Users\<Username> .
Depois, é tão simples quanto executar # update-grub .
Suas outras partições não serão afetadas, mas você precisa se certificar de montá-las. Isso pode incluir a edição do arquivo /etc/fstab de acordo.
O Linux não terá problemas com o NTFS (supondo que seja o sistema de arquivos que você usa).