Recentemente, o nautilus, o gerenciador de arquivos padrão, recebeu uma caixa de diálogo de renomeação em lote. Ainda não é poderoso o suficiente para fazer o que você quer. Mas, felizmente, existe o thunar, um gerenciador de arquivos alternativo que pode ser instalado. Com o thunars renomear a caixa de diálogo, você pode fazer o que quiser usando a GUI.
Primeiro, instale o thunar:
sudo apt install thunar
Comece o thunar, navegue ao diretório que tem seus arquivos. Em seguida, selecione todos eles. Pressione F2 .
Na caixa de diálogo exibida, selecione novamente todos os arquivos. Altere o modo para "Pesquisar e substituir" e para "Nome e Sufixo". Marque "Expressão Regular". Agora, use os seguintes itens como padrões de pesquisa e substituição:
file\.(.+)\.pdb
e
file.pdb.$1
Por fim, clique no botão renomear.
A vantagem dessa maneira é que você obtém uma prévia visual do que acontecerá antes de realmente renomear.