Eu finalmente descobri com o xwininfo que esse artefato era de responsabilidade de unity-panel-service :
$ xwininfo
xwininfo: Please select the window about which you
would like information by clicking the
mouse in that window.
xwininfo: Window id: 0x10c2495 "unity-panel-service"
Absolute upper-left X: 387
Absolute upper-left Y: 24
Relative upper-left X: 387
Relative upper-left Y: 24
Width: 42
Height: 200
Depth: 32
Visual: 0x5e
Visual Class: TrueColor
Border width: 0
Class: InputOutput
Colormap: 0x100000a (not installed)
Bit Gravity State: NorthWestGravity
Window Gravity State: NorthWestGravity
Backing Store State: NotUseful
Save Under State: yes
Map State: IsViewable
Override Redirect State: yes
Corners: +387+24 -595+24 -595-544 +387-544
-geometry 42x200+387+24
Eu então fiz pgrep unity-panel (para verificar se estava em execução) e pkill unity-panel (para relançar), e isso foi corrigido; foi embora agora.
Dito isto, não sou avesso a ouvir mais informações sobre o que causou este bug estranho. Ainda faz sentido relatar isso em algum outro lugar, apesar de o 16.04 LTS ser uma versão mais antiga e apesar do Ubuntu estar se afastando do Unity?