Existem algumas maneiras pelas quais você pode configurar esses aplicativos para funcionar. Alguns deles terão uma opção de configuração, da qual você pode entrar no programa e usar sua interface de configuração de áudio para testar e escolher o dispositivo que tenha o melhor desempenho.
Acabei de verificar e o Hangouts do Google tem esse recurso para escolher o dispositivo de áudio pelo nome. Isso é basicamente uma interface GUI para o que você está usando a linha de comando aplay e arecord para verificar e usar.
Alguns programas podem não ter uma interface fácil de configurar. Esses aplicativos usarão as configurações padrão do seu sistema para entrada. Mesmo aqueles que têm uma interface de configurações de áudio configurável pelo usuário, eles ainda são padronizados para a entrada de áudio padrão do sistema, a menos que você tenha definido manualmente diferente para esse programa.
Definindo o dispositivo de entrada padrão do sistema
A maneira mais fácil de começar um novo programa é definir as configurações do sistema para usar seu dispositivo de entrada de áudio preferido. Você pode fazer isso a partir das Configurações do Sistema do Ubuntu. Você pode encontrá-lo clicando em:
System Settings (the gear icon at the top right of the screen) -> (click) Sound -> (click) Input.
(Você pode clicar no ícone do alto-falante como um atalho para chegar a essa configuração).
A partir desta guia Input , selecione o dispositivo preferido. Ao selecioná-lo, você também pode ajustar o nível de entrada (ou silenciar os que não deseja usar se tiver mais de um, para evitar conflitos).
O destaque será o padrão do seu sistema. É o que os aplicativos que você mencionou (Skype, Hangouts, Facebook Calling, ...) usarão, a menos que você entre nesses aplicativos e os altere especificamente para algo diferente do padrão do seu sistema.