A linha de comando correta para seus objetivos deve ser:
ffmpeg -i video_0.avi -qscale:v 1 keyframes/vid0/img_%06d.jpg
Isso deve criar com sucesso suas imagens com 6 dígitos nos nomes dos arquivos de saída.
O erro em sua linha de comando é o '%' extra na seção do nome do arquivo de saída: img_%%06d.jpg
.
Referências:
- Crie uma imagem em miniatura a cada X segundos do vídeo O guia definitivo para criar imagens a partir de arquivos de mídia usando o FFmpeg.